تعمل الهندسة الطبية على توظيف العلوم الطبية والكيميائية والفيزيائية والرياضية مع مبادئ الهندسة لإيجاد حلول لمجموعة واسعة من المشاكل الاجتماعية المرتبطة بالمجالات الطبية والبيئية والمهنية، وتطوير مخرجاتها.
يعد القسم وحدة أكاديمية من معهد البحوث الطبيةوالرؤيةهى إعداد أجيال من الباحثين المتمكنين فى مجال الهندسة الحيوية الطبية من خلال برامج للدراسات العليا في الهندسة الطبية الحيوية ويركز القسم إهتماماته على الأجهزة الطبية الحيوية ومعالجة الصور الطبية ومعالجة الإشارات الحيوية،نمذجة الأجهزة الفسيولوجية ويسعى لتركيز النمو والتميز في هذه المجالات البحثية.

يمكن بلورة أهداف القسم على النحو التالي :
الإعداد الوظيفي : سيتم إعداد الخريجين لدينا على التفوق في الهندسة الحيوية ، العلوم الحيوية ، أو التخصصات الطبية في البحوث الأساسية والتطبيقية ، وتصميم أو تطوير التكنولوجيا

    التنمية المهنية : سوف يعمل الخريجين كخبراء معترف بهم في مجال الهندسة الطبية الحيوية، و في مناصب قيادية في المجالات الأكاديمية والحكومية والطبية والصناعية.
    
السلوك المهني : سوف يلتزم الخريجين لدينا بسلامة الجمهور ، و يتصرفوا بطريقة مهنية وأخلاقية في جميع الأوقات.
    
المساهمة الاجتماعية : سوف يلتزم خريجينا بالاستجابة والتكيف مع الاحتياجات العلمية والهندسية من المجتمع ، على الصعيدين الوطني والدولي ، والسعي إلى فرص جديدة ، والمساهمة في تطوير اقتصاد سليم و قادر على المنافسة عالميا .
التعليم المستمر: سوف يحافظ الخريجين لدينا على التعليم المستمر فى المجالات الجامعية الخاصة فى العلوم والهندسة ، و فهم المجتمع، و الاستمرار في تطوير معارفهم ومهاراتهم ، والمساهمات في جميع أنحاء حياتهم المهنية وحياتهم الخاصة . وسيشمل ذلك المشاركة فى أنشطة الجمعيات المهنية ، وحضور وتقديم العروض في المؤتمرات ، والمشاركة في أنشطة التوعية ضمن مجالات خبراتهم .