يهتم قسم الباثولوجي (علم الأمراض) بمختلف المجالات إلا ان مجالات الاهتمام الرئيسية هي:
- علم الأمراض التشريحي: الفحص الشامل وتشريح العينات المختلفة المستلمة من قسم الجراحة بمستشفى المعهد او المحولة من خارج المعهد
- علم الأمراض الخلوي: فحص العينات الخزعية والسوائل من مختلف الأورام او الأماكن المصابة وبخاصة الثدي بحيث يتمكن القسم من معاونة الطاقم الجراحي على اتخاذ القرار السليم في حالات اورام الثدي المختلفة
- علم الأمراض التشخيصي السريع داخل العمليات مثل العمليات التحفظية للثدي: يقدم للجراحين تشخيص سريع ودقيق وحساس لحد الامان عند استئصال أورام الثدي الخبيثة
- علم الأمراض الجزيئي: ويتم اما كجزء من الأبحاث واما كخطوة في الجزء العملي من الرسائل العلمية