الباثولوجي (علم الأمراض) هو واحد من الأفرع العلمية التي تمثل تحديا للأطباء ففيه يتم التعامل مع أنسجة الجسم المختلفة على المستوى الخلوي (علم أمراض الأنسجة وعلم أمراض الخلايا). 

ويعد قسم الباثولوجي واحدا من الأقسام النشطة في مستشفى معهد البحوث الطبية حيث يقوم بأدوار تشخيصية وعلاجية وتعليمية بالإضافة إلى الأبحاث أيضًا.

يقوم أعضاء هيئة التدريس بالقسم بالدور التشخيصي عن طريق:

  • فحص العينات المأخوذة جراحياً الواردة من داخل وخارج المعهد.
  • التشخيص الأولي الفوري أثناء الجراحة للحالات المشتبه بها بالثدي في قسم الجراحة بالمعهد ،
  • الفحص الخلوي للسوائل المستلمة في القسم وكذلك الآفات التي يتم سحبها سواء في عيادة القسم أو بالتوجيه الإشعاعي في أقسام الأشعة والمناظير.
  • تشخيص الصبغات المناعية (IHC) التي يتم إجراؤها للمساعدة في تحديد علاج سرطان الثدي ، مثل ER و PR و Her2 و Ki67.

يتم توجيه الدور التعليمي لطلاب الدراسات العليا في شكل درجتي الماجستير والدكتوراه في علم أمراض الأنسجة وعلم أمراض الخلايا ، بالإضافة إلى محاضرات تكميلية مدرجة في برنامج الدرجات الأخرى المقدمة في المعهد.

يتمثل دور البحث في الإشراف والتعاون مع الأقسام الاكلينيكية الأخرى بما في ذلك الجراحة والطب الباطني والأشعة والأورام وعلم الوراثة وغيرها.

يتكون القسم من وحدات معملية عالية التخصص حيث يتم فحص وتشريح وتمرير  العينات لتكون جاهزة للفحص تحت الميكروسكوب ومن ثم التشخيص. كما يوجد أيضا عيادة خارجية تابعة للقسم حيث يتم فحص المريض وسحب عينات من الآفات التي تستدعي ثم معالجة العينات وتشخيصها

يتألف طاقم القسم من أساتذة جامعيين مؤهلين تأهيلا عاليا، وأساتذة مساعدين،......الخ. مع فريق من الفنيين والسكرتارية المدربين تدريبا جيدا.